TLDR：在分别核查营业额税（增值税及相关税种）与所得税或公司税的情况下，除非营业额税的核查已在所得税核查之前完成，否则不允许级联扣除。纳税人可以申请将核查范围扩展至所有税种，以享受该优惠。
级联扣除的一般原则
级联扣除允许将营业额税的补缴金额在被核查的会计期间的结果中扣除，就好像这些税款已按规定缴纳。该机制旨在使纳税人处于未违规时的状态。
分别核查的情况
在分别核查营业额税与所得税或公司税的情况下，只有在营业额税的核查已完成且早于所得税核查时，才允许级联扣除。这一限制并非系统性的，但税务机关在存在时效风险的情况下可以适用。
核查范围扩展的可能性
仅针对营业额税或所得税进行核查的纳税人，可以申请将核查范围扩展至所有税种。这样可能有助于享受级联扣除的优惠。
条件与限制
在未对营业额税进行全面且事先核查的情况下，级联扣除不会自动适用。纳税人必须主动采取行动，使各项核查保持一致，以获得相应的优惠。
排除与说明
级联扣除仅适用于简单的税款补缴，不包括罚款。此外，对于与自行清缴相关的增值税追缴，也不适用级联扣除。
税务机关的作用
如果时效风险阻碍了对所得税应纳税额的影响，税务机关可以拒绝级联扣除。但这一限制不应被系统性地适用。